A UNISUAM-RJ oferece três cursos de Pós-Graduação Stricto Sensu reconhecidos pela CAPES: o Mestrado Profissional em Desenvolvimento Local, lançado em 2006, o Mestrado Acadêmico em Ciências da Reabilitação, aprovado em 2009, e o Programa de Gestão e Estratégia Empresarial, em parceria com a Universidade Europeia, que conta com MBA e Mestrado, esse último, título válido em toda a Comunidade Europeia.
O Mestrado é uma área em crescimento exponencial, com mais empresas investindo em departamentos internos de pesquisa e desenvolvimento de novos produtos e inovações tecnológicas em sistemas e processos. A mão de obra altamente qualificada se destaca abrindo um leque de opções que, antes, para o Mestrado, se restringia à educação em sala de aula, e, hoje, se expande para atuação em grandes corporações e até para o empreendedorismo e aplicação prática de teses em negócios próprios.